Lizarazu lần đầu khoác áo đội tuyển Pháp vào tháng 11 năm 1992, dưới quyền của huấn luyện viên Gérard Houllier. Ông chơi trận đấu gặp Phần Lan (Pháp thắng 2-1)[3][14].

Sinh ra ở xứ Basque nên Lizarazu đủ điều kiện chơi cho đội tuyển xứ Basque. Vì đội tuyển này không phải đội tuyển quốc gia chính thức nên có thể tập hợp được tất cả các cầu thủ có gốc gác xứ Basque (người Tây Ban Nha và Pháp). Ngày 22 tháng 12 năm 1993, Lizarazu được triệu tập vào đội tuyển xứ Basque trong trận đấu gặp Bolivia, với 23 000 khán giả ở San Sebastián và giành chiến thắng 3-1. Đây là trận duy nhất của Lizarazu đá cho xứ Basque.

Lizarazu mất gần 4 năm mới có được vị trí ổn định trong tuyển Pháp. Trong thời gian đó, ông đôi khi được sử dụng như một cầu thủ thay thế ở vị trí tiền vệ trái và bị Éric Di Meco chiếm mất vị trí hậu vệ trái sở trường. Phải đến Euro 1996, Lizarazu mới trở thành cầu thủ chính thức, thi đấu ở hàng hậu vệ với Laurent Blanc, Marcel Desailly và Lilian Thuram. Trong giải đấu quốc tế lớn đầu tiên, ông đã cùng Pháp lọt vào bán kết, thua trên chấm phạt đền trước Cộng hòa Séc[3].

Lizarazu khoác áo đội tuyển Pháp 97 lần,[15] ghi 2 bàn và cùng đội tuyển vô địch World Cup 1998 và Euro 2000, có tên trong đội hình xuất phát ở chung kết cả hai giải đấu.[9] Ông giã từ đội tuyển sau khi Pháp bất ngờ bị Hy Lạp loại khỏi Euro 2004.[3]